指公元前586年南国犹大亡于巴比伦，众民成为“巴比伦囚掳”这段时期的历史。
公元前597年，巴比伦王尼布甲尼撒率兵围困耶路撒冷，掳获犹大约雅斤王及其家族，将宫廷上层人士、官兵以及技术人员等一万多人作为战俘掳到巴比伦。这就是犹大亡国之前的第一次被掳。公元前586年，巴比伦军队再次攻陷耶路撒冷圣城，对圣殿进行彻底破坏，并把圣殿中所有的金银铜器和上层富裕的居民掳到巴比伦，这是犹大国的第二次被掳。根据《耶利米书》第52章第30节记载，在尼布甲尼撒王第23年，即公元前581年，巴比伦护卫长尼布撒拉旦又掳去犹大国民700多人，是为犹大国的第三次被掳。从公元前586年“第一圣殿”被毁为标志的犹大国的灭亡，到公元前538年波斯王古列(亦译居鲁士)宣布释放被掳犹太人回巴勒斯坦时止，这一时期即希伯来民族史的被掳时期。新巴比伦帝国对犹太人的政策比亚述帝国要宽容得多。亚述王在灭亡北部以色列王国(公元前722)之后，以强制的手段使以色列民与帝国其他民族同化，造成希伯来民族史上“丢失10个支派”的史实。与之相比，被掳去巴比伦的犹太人则享有一定的政治与经济自由。被掳者一般聚居于大城市郊叫做“提勒”或“特”(即山岗或土丘之意)的民族集居点里，可以自由行动，并保留原来的宗教信仰和生活习俗，但“巴比伦囚虏”们经历了国破、家亡、殿毁以后，民族感情受到极度的折磨。保存在《诗篇》第137篇的诗生动地反映了他们怀乡眷恋、痛恨侵略者的爱憎感情，以及心灵忏悔的忧伤情绪。诗歌写道：“我们曾在巴比伦的河边坐下，一追想锡安就哭了。我们把琴挂在那里的柳树上。因为在那里掳掠我们的，要我们唱歌；抢夺我们的，要我作乐。说：给我们唱一首锡安的歌罢!我们怎能在外邦唱耶和华的歌呢!耶路撒冷阿，我若忘记你，情愿我的右手忘记技巧；我若不纪念你，若不看耶路撒冷过于我所最喜乐的，情愿我的舌头贴于上膛，耶路撒冷遭难的日子，以东人说：拆毁、拆毁，直拆到根基，耶和华呀，求你纪念这仇!将要被灭的巴比伦城啊，报复你!象你待我们的!那人便为有福!拿你的婴孩摔在磐石上的，那人便为有福!”这种感伤的情绪是犹太民族处境的真实反映，也是对犹太民族是否能继续存在下去的严峻考验。因此，这时的先知耶利米、以西结和第二以赛亚进行了一系列工作。早在第一次被掳发生后，耶利米先知就写信给被掳去巴比伦的犹太人，要求他们“栽种田园，吃其中所产的，娶妻生儿女，为你们的儿子娶妻，使你们的女儿嫁人，生儿养女，在那里生养众多，不至减少”。耶利米先知的告诫，实际上是针对“假先知”预言两年之后，亚卫神就会带领犹太民族重返家园，而告诫犹太人要作好充分的思想准备，丢掉幻想，以现实的态度准备应付民族面临的危机。先知以西结要求犹太人把被掳看成是以色列—犹大民不遵行上帝诫命的惩罚。同时犹太人应该把被掳看成是一次磨炼、一次自新的机会。因此，要相信上帝是绝对公正的，只要犹太人悔改自己的罪过，就能获得拯救的希望。第二以赛亚则明确预言上帝将重新施行拯救，把被掳的犹太人从各个地方带回耶路撒冷。
这一时期，犹太人与他们的圣殿失去了联系，犹太信仰开始失去了其传统的实体性的表现形式。但先知耶利米认为，人们不论在什么地方，即使远离圣殿，也可以通过自己的专心祈祷接近上帝。这一解释，对于圣殿祭祀中心的神学传统来说，显然是一个创造性的突破，而对于被掳之民的现实处境来说，更具有实质性的意义。这样，在经过初期的阵痛和惶惑之后，在先知以西结的指导下，一些被掳之民聚集在一起，真诚祷告并接受希伯来先知的教训。这种聚会形式和内容，后来逐渐发展成为犹太教正规的崇拜形式和组织，即犹太社团的会堂崇拜。犹太人在被掳时期这一崇拜经验，后来在流散时期得到更广泛的发展。这一时期，也是《圣经》中“祭司经卷”(“P典”)编辑完成的时期。这样，“巴比伦囚虏”不仅成功地保留了其民族传统，而且由于与巴比伦先进文化的接触，及对本民族历史命运的反思，希伯来神学观念有了进一步的深化。被掳时期也因此成为犹太教发展史上的重要阶段。
圣殿被毁前后，另有大量的犹太人流亡埃及、非洲。据《耶利米书》记载，先知耶利米和书记巴录都被带进埃及。本世纪发现的《象岛纸莎草纸文献》证实埃及尼罗河的象岛(即今阿斯旺地区)曾是流亡埃及的犹太人的重要居住中心。象岛犹太人曾建立类似耶路撒冷的圣殿作为祭祀中心。另外，犹太流亡者们也在埃及亚历山大和其他城市定居下来。先知耶利米认为，犹太人的前途不属于这批埃及犹太人而属于保持了纯洁犹太传统的巴比伦犹太人。这一预言被后来的回归运动所证实。另外，经尼布甲尼撒多次掳掠之后，还居留在巴勒斯坦的是民中老弱和贫困穷人。他们管理残破的葡萄园并耕种土地。巴勒斯坦周围的民族，包括亚扪人、摩押人、以东人等逐渐迁移过来，与残留的犹太人混合杂居。这一批犹太人与周围民族在婚姻、语言上相互混和，逐渐丧失了犹太民族的传统特点。