指波斯居鲁士王释放被掳犹太人归回耶路撒冷，到波斯帝国被希腊亚历山大灭亡这段时期的历史。波斯时期也称为归回时期。从公元前539年波斯灭亡巴比伦帝国起，到希腊马其顿亚历山大占领波斯首都苏萨，即公元前331年春止。现存于伦敦不列颠博物馆的波斯居鲁士泥柱铭文证实，波斯在其征战中对被征服的民族实行了不同于亚述和巴比伦的政策。铭文说：“一切被掳者，我(指居鲁士)让他们回到他们的地方去。”居鲁士王解放了巴比伦奴役下的受压迫的民族，让他们回到自己民族的居留地去恢复本民族的宗教祭祀。居鲁士王的怀柔政策对波斯迅速扩张并击败强敌巴比伦起了重要作用。《圣经》中有关这一段犹太人历史的材料表明，犹太先知们把波斯居鲁士王看成是完成神所预定的世界历史命运的工具。
公元前538年，波斯居鲁士王下令释放被掳犹太人回国，重建圣殿和耶路撒冷。居鲁士王的诏令分别记载在《圣经·以斯拉记》第1章第2—4节和第6章第3—5节中。根据这份诏令，犹太人被允许回国，并由其首领所罗巴伯(大卫王族的一个后裔)领导这次民族归回运动。波斯王还下令发还了巴比伦王从耶路撒冷圣殿中抢夺的金银器皿。但是，归回运动不是一次性的突发事件，也不是所有巴比伦犹太人全部回到耶路撒冷，而是断断续续持续了随后的两个世纪。其中，《圣经》记载了三次比较大规模的民族回归行动。公元前538年，由所罗巴伯和大祭司耶书亚率领一批犹太人回耶路撒冷重建被毁的圣殿。公元前445年，犹太省长尼希米经波斯王亚达薛西一世的批准，又率领一批犹太人回国修建耶路撒冷城墙，建立防卫系统，并推行犹太教的改革运动。公元前397年(波斯亚达薛西王二世在位第七年)，祭司和文士以斯拉奉命到圣城检查犹太人遵守律法和王的命令的情况，又有另一批犹太人跟从以斯拉回国。首批归回人员在所罗巴伯和大祭司耶书亚的领导之下，并得到先知哈该和撒迦利亚的指导，先在旧殿原有的根基上建造了一个圣坛，向亚卫神献燔祭，然后分派利未人主持圣殿的监造工作，筑好圣殿的根基并进行其他一切准备工作。但是，这批归回者的行动与当地的犹太人和周围的民族发生了矛盾。当地的撒玛利亚人(即由以色列人、犹太人与亚述王以撒哈顿从外地迁入圣城以北的周围民族融合的后代)要求参与圣殿建造的工作，遭到所罗巴伯的拒绝，双方发生冲突，圣殿修造工程受到破坏。从居鲁士王经冈比西斯王，一直到大利乌王第二年(公元前520年)，长达十多年之久，圣殿修建一度陷于停滞状态。波斯大利乌一世登基时(公元前521年)，波斯统治下的巴比伦地区一度兴起民族复兴运动，犹太人利用这一时机，再次恢复建殿工作。根据《以斯拉记》第5章第1节的记载，此时先知哈该和撒迦利亚的大力宣传鼓动激起了犹太人一度冷却下去的热情。哈该号召人们行动起来，上山收取木料，建造圣殿，这样上帝就喜悦他们。以后，当犹太人因看到新殿的规模和结构与所罗门圣殿相比相形见拙而陷入失望时，先知哈该又鼓励人们坚强起来。他说，神的荣耀将会再度降临，他的干预将会震动万国，万国的珍宝都会运到圣殿里来。同时代的撒迦利亚先知协助并继续了哈该先知的工作。他尊崇归回领袖所罗巴伯，并提高他在民众中的领导威信。他把所罗巴伯与犹太先知传统中的“弥赛亚”观念结合了起来，一方面旨在加强犹太人的凝聚力，另一方面，对犹太人今后的神权体制进行了预示。公元前516年，即大利乌王第六年的亚达月初三日，圣殿终于修建完成。这就是希伯来民族史上的“第二圣殿”或称“所罗巴伯圣殿”。归回犹太人从此不再具有独立的民族国家，而形成以祭司和利未人为核心领导的“祭司王国”，其政治、外交、经济权力则控制在波斯王委派的官吏手中。
由“第二圣殿”的完成到公元前445年尼希米到达耶路撒冷止，犹太史上有一个大约跨越三代人的时期。在这一阶段，犹太人基本上着力于恢复遭受毁灭的家园。而在这时，已达高峰的东方波斯文化和正在西方兴起的希腊文化大有吞没犹太文化的趋势；再加弱小的、失去了国家的犹太社团在同撒玛利亚人和周围民族的摩擦中显得软弱无力；犹太社团内部的贫困及其经济、社会结构的分化也给巴勒斯坦犹太人造成了潜在的危险。在这一严峻形势之下，尼希米和以斯拉先后到耶路撒冷推行宗教和社会改革的运动。尼希米先后两次(公元前445年，公元前432年)就任犹太省长，并一直在巴勒斯坦工作至死。尼希米在到耶路撒冷之后，最初的工作是动员犹太人修建耶路撒冷城墙。他领导犹太人“一手作工，一手拿兵器，从天亮直到星宿出现的时候”，成功地抵抗了参巴拉等人领导的撒玛利亚军兵的破坏。城墙的修建，有效地加强了犹太人自卫的能力，使犹太社会稳定了下来。尼希米改革措施的主要目标是确保犹太人和整个犹太民族的独立性。他采取主要措施有：首先，在修建城墙后，招聚贵胄、官长和百姓，整理犹太社团的家谱。其次，严格禁止犹太人与外族人通婚，他要求犹太人把婚姻建立在《申命记》的律法原则上。为此尼希米曾免除一个祭司的圣职，因为他娶了外族参巴拉的女儿为妻。第三，他恢复人们对律法的忠诚和对圣殿的奉献，规定犹太人应该严格遵守安息日，并向圣殿奉献财产的十分之一。尼希米的改革措施适应了归回时期犹太社会的特点，从而把犹太社团组织成为一个特殊的、以圣殿和宗教忠诚为标志的祭祀团体。犹太人在失去独立的国家形态之后真正成为“上帝之民”。
以斯拉的工作是尼希米工作的继承和发展。为保证犹太社团的纯洁性，以斯拉的一些措施更加严格。他禁止犹太人与外族人通婚，甚至勒令已结婚的要离异。以斯拉到达耶路撒冷之后，进行了恢复上帝与犹太人定约的仪式。他聚集犹太人，宣讲律法，宣布禁食；然后在一个虔诚的忏悔祷告之后，要犹太首领、祭司和利未人都在律法书册上签名。这个仪式显然在当时和以后的波斯犹太人中产生了深远的影响。以斯拉还和其他文士一起，根据口传资料，编订整理了律法书。《摩西五经》属于这一时期的产物。
经过尼希米和以斯拉的犹太教改革运动，希伯来民族成功地把先进文化归入到自己的神学体系中，防止了民族被同化，保持了本民族的纯洁和生存。巴勒斯坦犹太人成为以《托拉》为中心信仰与祭祀的社团。