1654年部分被葡萄牙人从巴西驱逐出境的犹太人定居古巴，他们同西印度群岛其他地区开展活跃的贸易。18世纪，古巴犹太商人建立了同纽约、汉堡和阿姆斯特丹的贸易联系。但是，宗教裁判所的刑罚以及履行任何(除天主教外)宗教仪式的禁忌，导致古巴犹太社区的消亡。古巴新犹太社区的产生，同马蒂(1853—1895，古巴民族英雄、思想家、反抗西班牙统治的解放斗争的组织者和参加者、作家)为首的解放运动有关。美国(主要是佛罗里达州)的犹太人支持马蒂，他们在西班牙于1898年失去了统治古巴的权利以后，开始移居古巴。他们是犹太教改革派的支持者，1904年创立了犹太宗教联合会，有自己的教堂，1906年在哈瓦那附近购置的一块土地上建立了墓地。第一次世界大战前不久到达古巴的一批犹太人(基本上是来自土耳其和中东的塞法迪人)于1914年建立了自己的组织。1919年4月古巴议会通过决议支持《贝尔福宣言》。
1920年，古巴出现了东欧移民，大部分去美国。1922—1923年，古巴有美国联合分配委员会的代表，他们向犹太难民提供经济帮助。1924年美国政府采取限制移民的措施，迫使数千名犹太人留在古巴。这些阿什肯纳兹犹太人同塞法迪犹太人和犹太教改革派社区的接近，在许多方面促使D·布利斯(1872—1941)建立统一的组织，该组织领导慈善活动、医院、图书馆、学校、大学生中心等。尽管这个组织的成员并非都是犹太复国主义者，但是该组织采用犹太复国主义者的国歌，其标志也是兰白旗和大卫星。从1929年起，在古巴开展活动的有犹太复国主义联合会，稍后有犹太复国主义联盟。建立了古巴犹太妇女协会(1926)、同结核病斗争的犹太委员会(1927)和约言之子分部(1943)。1925年开始出版意第绪语的打印报纸，1927—1930年出版意第绪语的印刷杂志，1932—1963年出版亲犹太复国主义的意第绪语报纸。
1933—1941年，犹太人向古巴的移民重新活跃起来，他们主要来自德国、奥地利和波兰。只有15%的移民定居在古巴，新移民中的失率业达90%。他们的状况由于1933年通过的法令而复杂化，该法令规定任何一个企业的工人中古巴人不得少于50%。纳粹在德国掌权也使古巴产生反犹宣传。1939年，古巴当局不允许乘坐“圣路易”号船的、来自欧洲的数百名犹太难民登陆。从第二次世界大战开始后，停止了反犹宣传。犹太移民从事钟表修理、钳工、机械、烤制面包等活计，建立了轻工企业(服装，鞋类等)。1942年，比利时安特卫普的犹太人在古巴建立了钻石加工企业(1943年已有24个企业，1200名工人)。从1934年起，犹太贸易署在古巴开展活动，除完成自己的基本职能外，它还同反犹主义的表现作斗争。50年代末期，古巴犹太人的经济状况明显改善。大部分犹太人(约1—1．2万)从事企业经营、贸易和服务业。由于不少犹太人移居境外，1965年古巴只剩下2500名犹太人。
古巴是1947年投票反对联合国关于巴勒斯坦分治决议的唯一美洲国家。后来，古巴和以色列的关系有所改善。1959—1962年两国签订了若干贸易协定。1973年赎罪日期间，古巴断绝了同以色列的外交关系。1966年古巴有5所犹太会堂：塞法迪人3所，阿什肯纳兹人和美国犹太教改革派各1所。1970年，约有400名古巴犹太人移居以色列，主要定居在基布兹。1984年古巴犹太社区有700名成员。