十字军时期指十字军东征、征服统治巴勒斯坦的一段时期。十字军东征是基督教的欧洲对穆斯林的亚洲的征讨。因每个十字军军人身上都缀十字标记，故称十字军。由于拜占廷帝国无力抵御突厥人进攻，只得向罗马教皇求援。1095年教皇乌尔班二世在法国南部的克勒芒召开宗教会议，号召西欧基督教徒进行圣战。“解放圣陵”的口号响彻全国。各地都出现了情绪狂热的说教者、修士、形形色色的人各有所图，处在饥饿和贫困状态中的农民则更希望通过东征来解脱困境。从1096年起，农民从下莱茵河出发“朝觐”，经过南部德国、匈牙利和巴尔干半岛，一路摧毁犹太人社团。但第一批乡村农人的“十字军”队伍还没有到达圣地，便遭到早已作好准备的塞尔柱克人的进攻，1096年10月21日约有25000名十字军被歼灭。
两年以后，十字军队伍重新组织起来。1099年3月，十字军的一支部队占领从黎巴嫩到巴勒斯坦的海岸路线。沿海城市的人出于害怕，答应向他们提供供给品和资金。这支军队沿着从该撒利亚到拉姆拉的路线南下。1099年6月7日起，十字军4万多人围攻耶路撒冷。7月15日，十字军入城，进行野蛮的洗劫，不分男女老幼，见人就杀，约有二三万人死于非命。犹太人英勇地保卫他们的领土，有的被杀，有的在犹太会堂中被烧死；有的被俘，卖到意大利做奴隶；只有一小部分人逃到阿什克伦和欧洲。占领耶路撒冷后，十字军继续占领其他地区。伯利恒甚至在十字军征服前就投降了，这个城市中大多数人是东亚教教徒，正是他们把城市交给了十字军。加里克和纳布卢斯在十字军未费一枪一弹占领太巴列和贝桑后也投降了。太巴列成为一个新省的首府。试图抵御十字军的法蒂玛王朝也在1099年8月阿什克伦战役中被击败。这样，十字军轻松地占领了地中海的沿岸城市。像拉姆拉、雅法便是穆斯林自己放弃的，成为十字军的主要港口。大概在10年内，十字军占领了大部分沿海城市。海法那时候虽是个小城市，但因其造船业而重要起来，曾被法蒂玛王朝特意安排在那里的犹太人社团，在抗敌过程中发挥了重要作用。阿尔苏夫、该撒利亚、阿克、贝鲁特和西顿先后陷落。征服沿海城市，能恢复与欧洲的军事和商业联系，并能向尚未涉足农业区的十字军社会的主要居民点供给物品。1100年十字军开始进攻君士坦丁堡。尽管大马士革的统治者进行了顽强抵抗，十字军还是成功地控制了当地的游牧民。1107年到1142年，十字军最后控制了叙利亚和欧洲之间的交通要道，从北部到麦加和麦地那的朝圣道路。当时出现了以西欧封建制为模式的耶路撒冷王国(1099—1187)。1153年阿什克伦被占领。其他十字军国家，如安条克公国、埃德萨伯国、的黎伯里伯国等，名义上为耶路撒冷王国附庸，实际上是各自独立的。耶路撒冷王国号称东方拉丁国家之首，撒马丁在埃及扩充武力期间又称为大卫王国，并处于鼎盛时期。包德温一世在位期间，版图从红海北端的亚喀巴扩张到黎巴嫩的贝鲁特。
十字军第三次东征是针对埃及阿尤布王朝的开国君主撒马丁的。1183年撒马丁指挥军队攻占阿勒颇，灭努尔丁王国。1185年攻克摩苏尔，完成了统一埃及、巴勒斯坦、叙利亚、伊拉克北部、汉志和也门的宏愿，进而从东西两侧夹攻十字军。1187年，他率阿拉伯联军向耶路撒冷王国发动圣战，在海廷战役中大败十字军，俘虏耶路撒冷王国国王，遂乘胜进占地中海东部沿海要塞和内陆城镇。1187年10月收复被十字军强占88年的圣城耶路撒冷。圣城的陷落使欧洲大为震动。1189年，英国狮心理查一世、德皇腓特烈一世和法王腓力二世组成第三次十字军，围困阿克要塞。阿拉伯军民奋起抵抗，击退敌军多次进攻。1197年，理查一世和撒马丁签定《赖姆莱和约》，规定十字军只保留蒂尔至雅法的狭长地带；耶路撒冷归穆斯林管辖，基督教徒可以去朝圣。撒马丁1193年死后，穆斯林王国再一次分裂。不过，十字军也没有能力作大规模扩张了。
第四次十字军由教皇英诺森发起组织，一定程度上援助了巴勒斯坦的十字军。他们攻陷亚得里亚海东岸的萨拉城，转而进攻拜占廷。1204年君士坦丁堡陷落，被十字军洗劫达一星期之久。匈牙利王国十字军进攻加利利、贝特谢安并无明确使命，唯一的结果是巩固了凯撒里亚和建立了阿斯利特城。
剩下的十字军参加了第五次十字军东征，他们以埃及为进攻目标。由于害怕十字军，穆斯林毁坏了他们在耶路撒冷等地的堡垒。第六次十字军也是以埃及为进攻目标。德国皇帝腓特烈二世于1228年出发，抵达阿克；同时他被教皇驱逐出教会。当时十字军已占领了一部分西顿。腓特烈二世利用伊斯兰教国家内部矛盾，和埃及苏丹缔结条约，并未作战便获得了十字军的领土主权。本处于穆斯林管辖之下的西顿、拿撒勒、拉姆拉、伯利恒、拉姆拉到耶路撒冷的通道，包括耶路撒冷本身都交给了十字军。这样，耶路撒冷第二王国便拥有连接沿海地区的两大区域：拿撒勒和耶路撒冷。腓特烈自称耶路撒冷王国国王。他离开不久，在提卜宁王室领导下，国内爆发内战。战争从1231年持续到1243年，削弱了王国的力量。意大利地区和军队首领实行自己的政策，国家元首名存实亡。十字军试图重新控制阿什克伦，但遭失败；同时大马士革苏丹以土地为条件，要求十字军帮助他反对埃及阿尤布王朝。1244年花拉子模突厥人在埃及支持下，又占领了耶路撒冷，十字军从此没有再回到圣地。后来，埃及人还占领了太巴列和阿什克伦。
13世纪十字军已成为强弩之末，内部矛盾重重。13世纪中叶，蒙古旭烈兀建立伊儿许王朝，1258年攻陷巴格达，叙利亚和巴勒斯坦受到威胁。埃及马木留克王朝开始崛起，苏丹拜巴尔斯一世于1260年击败蒙古军，不断夺取十字军领地。耶路撒冷王国的残余人马为了保存自己的财产，与征服者分割领土。1291年，马木留克王朝围攻占领耶路撒冷王国中心阿克。巴勒斯坦地区十字军时期就此结束。
十字军东征给巴勒斯坦、埃及和拜占廷人民带来一场灾难，阻碍了该地区的发展，但也在一定程度上促进了东西方之间的商业活动，使近东贸易成为西欧经济的有机组成部分。
十字军入侵期间，犹太人与法蒂玛王朝军队及当地穆斯林合力抗战。十字军对莱茵地区的犹太人犯下的残杀和抢劫的罪恶行径传到东方，促发了人们对救世主的希望。他们天真地相信，一定会在战争中彻底打败入侵的十字军，拯救受难者。从一开始，犹太人就与保卫耶路撒冷息息相连。他们在11世纪于城市北部建立的犹太人据点首先遭到敌人的进攻和入侵。只有极少数人在可怕的屠杀和犹太教堂的烈焰中幸存。1100年，犹太人奋勇参加了海法保卫战。在那儿，犹太社团享有法蒂玛王朝给予的特殊条件。海法陷落，犹太人同样遭到洗劫。北部西提和巴尼亚斯、南部的阿什克伦和雅法依然抵御十字军，接纳大批逃离十字军屠刀的反抗者。军事征服结束后，犹太人社团开始重建家园。受欧、亚有所改善的海上贸易的吸引，不少欧洲移民迁往巴勒斯坦，犹太人的地位也因此得以提高。在十字军法令中，犹太人的合法地位与叙利亚的基督徒、穆斯林没有什么不同。由于穆斯林构成人口的大多数，十字军不得不对异教徒表现出忍耐，否则将难以在该地区稳固存在，这对犹太人恢复生活有所帮助。只有在耶路撒冷，十字军仍然恢复了拜占廷禁令，不允许犹太人住在圣城；事实上，只有一小部分家庭在耶路撒冷国王的特准下居住在那儿。犹太人最重要的团体在西提，十字军征服后它仍继续存在。它是一个有组织的社团，学者、领袖曾就口传律法总体的事与埃及的迈蒙尼德交换信函。另一个重要社团在阿克，学者也与迈蒙尼德保持联系。第三个重要社团在阿什克伦，可能在1153年为十字军摧毁。在贝鲁特、西顿和该撒利亚等沿海城市有些小规模的犹太人社会。加利利只有太巴列的犹太人社会在12世纪时孤立存在，13世纪依然无恙，在加利利还有一些犹太人农业区。尽管巴勒斯坦的犹太人社会没有明显抛弃以前的居住区，但在沿海城市的基督教地区呈现集中趋势。撒马丁和他的后继者征服巴勒斯坦，缩小了十字军王国的版图，唤起了东方和欧洲犹太人对救世主的希望。他们纷纷从世界各地移居巴勒斯坦(参见“12—13世纪犹太人移居巴勒斯坦”)，成为那个时期一个重要历史现象。在经济活动方面，大多数犹太人从事手工艺，以毛纺织物的染匠为最多。他们在船主和药剂师、医生行业中也赫赫有名。与之相反，犹太人在地中海国际贸易中发挥的作用不大。