进入1943年5月，部署在中太平洋的美潜艇更加活跃起来，不仅袭击来往的舰船，而且不只一次地炮击岛岸。
5月1日，日船“多闻”丸(8156吨)在塞班岛以东水域(北纬41度33分、东经149度23分)被潜艇以鱼雷击沉。5月2日，“富士川”丸在贾卢伊特岛西北发现了潜艇射来的3条鱼雷，经巧妙规避才幸免于难。同一天，“隼鹰”号日航空母舰的2架舰载机在莫特洛克群岛以西(北纬5度2分、东经152度23分)发现一艘潜航的潜艇，并进行了攻击，但效果不明。也是在这天，日陆军征用船“喜山”丸(5072吨)，在帛琉以西(北纬7度54分、东经133度50分)受到潜射鱼雷的攻击；日电缆敷设船“王星”丸(641吨)在特鲁克附近发现美潜艇，并进行了深弹攻击，但效果不明。5月4日，日运油船“圣克利门蒂”丸(7345吨)，在安高尔(帛琉群岛)102度方位、15海里处被鱼雷击沉。对其实施鱼雷攻击的，是美潜艇“西耳”号。
5月5日，日海军省运输船“东海”丸(8359吨)，在“谷风”号驱逐舰的护卫下，由“东京”丸(6481吨)拖带驶离塞班岛不久，就被潜艇击成重伤，只好返回出发港。同一天，日军的“第一源荣”丸在帛琉群岛以南被潜艇击沉。美军为了支援其北太平洋部队进攻阿留申群岛的阿图岛，还派潜艇于5月9日炮击了维盖特岛(马绍尔群岛)和帕甘岛(马里亚纳群岛)。与此同时，活动于北太平洋的美潜艇炮击了室兰东北地区(北海道)。
日军以“国川”丸、“辰武”丸、“几内”丸、“摩耶”丸、“会宁”丸和“鸭”号护卫艇组成的4508护航运输队，于5月8日从特鲁克出海，驶往横须贺，在10日这天受到4次潜艇攻击。在塞班岛以东约200海里水域，其中的“几内”丸(8360吨)和“辰武”丸(7068吨)被击沉。击沉这两艘日船的，是“潜水员”号美潜艇。
5月中旬，日军以“大日”丸、“长野”丸、“甲南”丸、“英兰”丸和“第二十二”号猎潜艇编成的P－512护航运输队，从帛琉出发驶往腊包尔。17日，该队进至木骚岛附近水域(北纬0度45分、东经148度30分)时遭到“鲸灰”号美潜艇的鱼雷攻击，其中的陆军征用船“英兰”丸(5829吨)被击沉。与此同时，“绿鳕”号美潜艇活动于马绍尔群岛海域。一艘由商船改装的日炮舰——“光岛”丸(311吨)18日在马洛埃拉普岛(夸贾林岛东南)的埃尼丘安水道以南约20海里处被这艘潜艇以鱼雷击成重伤。20日，载运日陆军南海第1守备队的“盘谷”丸，在进入贾卢伊特锚地之前也被美潜艇“绿鳕”号击沉。25日，日第5巡防区所属的“胜泳”丸(3500吨)，在关岛以北约40海里处被潜艇击沉。日军的K－519护航运输队于5月下旬从腊包尔开往吴港，有“鸠”号扫雷艇、第18号扫雷艇和“第五玉川”丸3艘军舰护航。但该队的陆军征用船“高知”丸(2910吨)因舵机发生故障而掉队，27日行至帛琉群岛以北(北纬8度25分、东经134度6分)时被“脊鳍鲸”号美潜艇击沉。28日，改装的日水上飞机母舰“神川”丸(6852吨)，在木骚岛以东(南纬1度0分、东经150度15分)被“斯坎普”号潜艇击伤。同日，雅浦岛以东约500海里的法斯岛遭到美潜艇的炮击。
6月初，日军的P－607护航运输队从吴港出发驶往帛琉群岛，8日在目的港附近(北纬9度8分、东经134度3分)遭到“脊鳍鲸”号美潜艇的鱼雷攻击，其中的海军省运输船“河北”丸(3350吨)被击沉。9日，日运油船“阿格波诺”丸，在特鲁克西南450海里处被潜艇击伤。10日，日第4舰队所属的运油船“石廊”号(刚修好不久)和航空母舰“飞鹰”号，在同一海域被潜射鱼雷击伤。日海军运输船“日出”丸(5256吨)，也于6月10日这天，在特鲁克以南约200海里处(北纬2度42分、东经152度)被“银鱼”号美潜艇击沉。
6月11日，日军的0－204护航运输队从帛琉开往大阪，刚出港不久就在陶吉耳姆隆基水道外(北纬7度40分、东经134度20分)，受到“脊鳍鲸”号美潜艇的鱼雷攻击。队中的“泽诺亚”丸日商船(6784吨)受重创，约两个小时后沉没。13日，“山国”丸(6921吨)在第32号猎潜艇的护卫下，驶至夸贾林岛东北水域时受到潜艇攻击，只因及时发现鱼雷航迹，才成功地进行了规避。第32号猎潜艇和“第三关”丸在附近海面进行了对潜搜索与攻击，效果不明。日军以“甲南”丸、“平明”丸、“望加锡”丸、“金华山”丸和第32号、第37号猎潜艇组成的0－704护航运输队，于6月上旬离开腊包尔，开往帛琉。这支护航运输队于6月13日途径雅浦岛以南约200海里水域(北纬6度8分、东经138度28分)时，受到“刺尾鱼”号美潜艇的袭击。队中的“甲南”丸(5226吨)被击沉。
6月17日，一支从特鲁克驶往腊包尔的护航运输队，行至莫特洛克群岛以南(北纬4度4分、东经154度3分)时受到“鼓鱼”号美潜艇的袭击，队中的日海军省运输船“妙高”丸(5086吨)被击沉。一支从帛琉驶往腊包尔的日护航运输队(“宫殿”丸、“田子浦”丸、“日辽”丸、“第十三博铁”丸和第22号猎潜艇)，于19日行至古利尼奇岛以西(北纬1度42分、东经149度22分)时受到“咆哮者”号美潜艇的攻击。“宫殿”丸(5196吨)被击沉，第22号猎潜艇将其船员救走。在此前后，日运输船“明天”丸(4474吨)在“第三关”丸的护卫下向特鲁克航进，途径塞班岛以西水域(北纬15度57分、东经140度57分)时受到“托托格”号美潜艇的攻击，并被击沉。
从横须贺驶往特鲁克的3625护航运输队，于6月26日进至八丈岛273度方位、37海里水域时受到“鲑鱼”号美潜艇鱼雷的攻击。该队的“彰山”丸(5859吨)和“东洋”丸(4163吨)被击沉。28日，日第4舰队由商船改装的炮舰“昭德”丸(1954吨)，在罗塔岛以南被潜射鱼雷击沉。29日，“壹歧”号、“鸠”号和第18号扫雷艇，护送0－007运输队行至帛琉群岛西水道附近受到鱼雷攻击。30日，日巡逻机在马洛埃拉普岛附近发现美潜艇，指挥部派“第六京”丸、“第六拓南”丸前去攻击，效果不明。6月31日，在特鲁克群岛以北海域巡弋的“波吉”号美潜艇，发现了日水上飞机母舰“最上川”丸(7497吨)，并将其击沉。
美潜艇在中太平洋的活动日益活跃，日运输船的损失比前一时期显著增加。通往俾斯麦群岛、所罗门群岛和新几内亚岛的海上航路受到美潜艇的严重威胁。所罗门、新几内亚前线部队的补给和增援都很困难，日军大本营对此深感不安。