藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴经过多年刻苦修习，52岁时精通佛法，成为藏区有名的宗教领袖。
他为了扩大格鲁教派的影响，吸引信仰者，在阐化王扎巴坚参等施主赞助下，仿照佛祖释迦牟尼以神变法会降伏外道六师的事迹，于1409年藏历正月初一至十五日在拉萨举行规模空前的祈愿大法会。
在法会准备期间，清洗大昭寺内的释迦牟尼等佛像，并修复和油漆年久陈旧的壁画等。
法会期间，向释迦牟尼像供献金帽、饰物以及银碗等，为十一面大悲观音和小昭寺内的不动金刚佛像制造银碗，为诸佛供以油灯、净水等。
万余僧众讲论佛经，发愿祈祷。
前来观光者达数万人之多。
之后，拉萨大愿法会每年举行一次，均由格鲁派宗教首领主持。
后来，仁蚌巴武力控制拉萨，1498至1517年的18年间，禁止哲蚌、色拉两寺的僧人参加每年一度的大愿法会。
在此期间，法会主持人也由桑浦寺或噶玛派的为首喇嘛担任。
1517年，帕木竹巴的势力有所恢复，仁蚌巴势力被迫退出拉萨。
是年，后被追认为第二世达赖喇嘛的根敦嘉措回到哲蚌寺，并担任该寺堪布，并于1518年恢复了由他主持大愿法会和哲蚌、色拉二寺僧人参加法会的权利。
法会每年举行。
至五世达赖时，开始在法会中以辩论佛经的形式从三大寺学僧中选取头等格西，即大昭格西。
法会期间，由哲蚌寺铁棒喇嘛维持拉萨市区秩序。
拉萨大愿法会创立之后，格鲁派各大寺院也纷纷仿效，成为各寺院的大型宗教活动之一。
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