19世纪初期，阿塞拜疆属伊朗。1803—1828年，阿塞拜疆北部划归俄国。关于犹太人定居阿塞拜疆的最早资料出现在12世纪。13世纪下半叶，蒙古诸汗统治着从高加索到波斯湾、从阿富汗到叙利亚的广大领土，他们把阿塞拜疆变成自己帝国的中心地区。信奉佛教的蒙古诸汗的宗教宽容政策吸引了许多犹太人来到阿塞拜疆。阿尔贡汗(1284—1291)的丞相是犹太人萨达德—达弗拉，他实际上操纵着蒙古汗国的整个内外政策。而犹太人阿比尔—拉比掌管着整个阿塞拜疆的行政系统。萨达德—达弗拉被处死是对他擅权不满的宫廷集团的胜利，他的支持者们、其中包括许多犹太人也被处死。这个事件成为阿塞拜疆犹太人处境恶化的第一个征兆，许多犹太人开始改信伊斯兰教。拉舍达德—津就是其中一个，他于1298年任丞相，1318年因遭诬陷而被处以极刑。在随后的年代里，由于不停的改宗和移居，阿塞拜疆的犹太人减少了。不过，16世纪仍有犹太社区。17世纪发生过驱逐犹太人的新浪潮，以及大规模强制犹太人改信伊斯兰教的事件。19世纪下半叶，只有划归俄国的阿塞拜疆北部地区有为数不多的犹太人。
库巴曾是阿塞拜疆的犹太中心。该市1835年有5492名犹太人(其中2718名居住在犹太区)，1866年有6282名犹太人。阿塞拜疆北部的犹太人主要从事农耕，做小买卖，干粗活。他们的经济状况很糟糕。从19世纪70年代开始，由于巴库石油工业的发展，很多犹太人从俄国欧洲部分来到阿塞拜疆北部。1897年，这里有14791名犹太人，其中库巴有6662名，巴库有2341名。1908年，库巴创办了用俄语授课的犹俄学校。
国内战争时期和苏维埃政权最初年代，犹太人仍然集中在巴库。约有13500名犹太人离开库巴到巴库定居。20年代，所有的犹太复国主义组织以及与它们有关的文化教育机构被禁止活动。当局积极采取措施以吸引犹太人从事农业生产，但是根据1927年的统计，农业部门仅有250个犹太家庭。20年代，巴库创办了犹太青年俱乐部和犹太学校，还出版犹太定期刊物和书籍。
到1926年，阿塞拜疆有19000名欧洲犹太人和7500名戈尔犹太人。1959年，这里有40204名犹太人(占当地人口的1．1%)，其中31917名居住在城市。8357名犹太人把鞑靼语作为母语，6255名犹太人则把意第绪语作为母语。根据1970年的资料，阿塞拜疆有41288名犹太人。
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