同盟国军对吕宋岛的进攻是从仁牙因湾登陆开始的。参加这次登陆的地面作战部队为克鲁格中将指挥的第6集团军，下辖步兵第6、第43、第34、第40、第25师(预备队)以及其他部队，共19．1万人。为其担任遣送和支援的兵力是第7和第3舰队。为了加强空中掩护，除以护航航母舰群伴随登陆输送队航行外，盟军还令摩罗泰岛、莱特岛和民都洛岛的岸基航空兵负责压制吕宋岛南部的日军机场，责成哈尔西亲自率领的快速航母特混编队进至菲律宾以北海域去压制台湾和吕宋岛北部的日军机场。
日军防守吕宋岛的兵力为7个步兵师团、1个装甲师团，加上海军所属的地面部队，共约28万人，飞机250架，由第14方面军司令官山下奉文大将直接指挥。日军的防御部署是，将吕宋岛上的兵力划分为尚武、振武和建武3个集团，分别据守该岛北部重要地区、马尼拉东面的山区和克拉克西面的山区。各集团独立作战，相互策应，将盟军主力牵制在吕宋岛上，以持久的防御战消耗其战斗力。因此，只在仁牙因湾以东地区配置1个师(第23师团)，用以迟滞盟军的进攻。此外，日军还计划使用自杀飞机和自杀艇对盟军的登陆舰船进行攻击。
盟军实施这次登陆作战的先遣编队，由164艘舰艇组成。其中包括战列舰6艘、巡洋舰6艘、护航航空母舰12艘、驱逐舰33艘、护卫舰6艘、快速运输舰10艘(载运水下爆破队等)、扫雷舰艇约7艘。这支编队在奥尔登多夫海军中将的指挥下，于1945年1月2日从莱特湾出发。当天傍晚刚刚驶出苏里高海峡，就被棉兰老岛上的日军观察哨发现。3日晨，日军从棉兰老岛派出轰炸机飞往保和海，对该编队进行袭击，其“科温尼斯克”号油船被“神风”特攻机撞伤。
这支先遣编队进入苏禄海后，以护航航空母舰为中心，编成两个舰群前后航行，随时有40余架战斗机在空中进行战斗巡逻，还时常有岸基航空兵飞来予以加强。尽管对空防御比较严密，仍然未能完全阻止自杀飞机的攻击。1月4日下午，奥尔登多夫率队进至班乃岛以西海域时，日军的1架双引擎轰炸机，好象从空中掉下来的铅锤一样，撞到“奥马内湾”号护航航空母舰的飞行甲板上。一颗炸弹穿入机库甲板爆炸，另一颗穿透第二层甲板引起前机舱的燃油着火，接着就是炸弹和鱼雷爆炸，舰体断裂，沉入大海。
1月5日，先遣编队途经马尼拉以西海域时，发现两艘军舰。这是日联合舰队的“桧”号和“枞”号驱逐舰。这两艘日舰护送“生田川”丸于4日19时30分进入马尼拉湾，翌日离开该地向头顿(越南南部)返航，途中与美先遣编队相遇。“枞”号被护航航空母舰派出的飞机以鱼雷击沉，“桧”号避入马尼拉湾后再次转向头顿方向前进时被盟军的后续部队击沉。1月5日17时许，16架自杀飞机和4架护航飞机突破先遣编队的空中掩护，撞伤了澳大利亚的“澳大利亚”号重巡洋舰，美国的“路易斯维尔”号重巡洋舰、“马尼拉湾”号护航航空母舰、“斯塔福德”号护卫舰和第70号炮舰。可是，这些损伤并未能阻止先遣编队的航进。
1月6日，奥尔登多夫的4个舰炮火力支援群，在扫雷舰艇的引导下进入仁牙因湾，开始实施为期3天的预先火力准备。炮击刚一开始，就有10余架日机来袭。直到日落，日机频频进行袭击。护航航空母舰所能派出的飞机不足以封锁该地，致使盟军的“朗”号扫雷舰被撞沉，还有11艘舰船被撞伤。其中有“新墨西哥”号和“加利福尼亚”号战列舰，“哥伦比亚”号、“路易斯维尔”号和“澳大利亚”号巡洋舰(后两艘是第二次遭到撞击)，驱逐舰4艘，水上飞机供应舰和扫雷舰各1艘。尽管如此，先遣编队对岸上目标的炮击和扫雷作业仍按预定计划实施。
如果没有快速航母特混编队对台湾和吕宋诸机场的压制，奥尔登多夫所部还会受到更为严重的损失。哈尔西亲率快速航母特混编队(航空母舰14艘、战列舰9艘、巡洋舰16艘、驱逐舰73艘)，于1944年12月30日从乌利西锚地出发，向西北航行。翌年1月3～4日，它的舰载机对台湾各机场进行了空袭，6日对吕宋岛北部的一些机场进行袭击。但因天气不好，未能对日机场进行全面压制，致使先遣编队于6日遭到一些损失。1月7日，哈尔西快速航母特混编队和奥尔登多夫护航航母舰群的舰载机以及进驻民都洛岛等地的岸基机协同攻击吕宋岛，使该地各日军机场几乎处于瘫痪状态，只有少数几架日机飞临仁牙因湾上空，且被击落。于是，日军决定将菲律宾的航空兵力撤往台湾。因此，1月8日后，就很少有日机袭击仁牙因湾的盟军舰船了。
载运第6集团军的登陆突击编队，在西南太平洋战区总司令麦克阿瑟和第7舰队司令金凯德的统率下，从马努斯岛、莱城、霍兰迪亚、比阿岛等16个地方会合到一起，于1月4日从莱特湾出发，是日夜通过苏里高海峡，沿着先遣编队走过的航线驶往仁牙因湾。1月5～6日，日军飞机以其全力对付先遣编队，而无暇顾及这支登陆编队。7日和8日，虽然偶有单架自杀飞机来袭，伴随登陆舰船航行的“加达山湾”号和“基特混湾”号护航航空母舰先后被撞伤，可是登陆突击编队仍按预定航线前进，并于9日驶抵仁牙因湾。除几架零星自杀飞机对登陆舰船进行撞击和登陆场北侧高地上的岸炮猛烈射击外，登陆兵未遇多大抵抗就登上了岸滩。当天日落前，已有6万余名登陆部队上岸，建立了正面40公里、纵深约5公里的登陆场。
9日入夜后，盟军在仁牙因湾施放烟幕，以防日机袭击。但在午夜后，约有70艘日军的自杀艇各携带两个260磅的深水炸弹冲向停在湾内的舰船。这些自杀艇多被舰炮击毁，但盟军的舰船也有8艘被炸伤，1艘被炸沉。在此后的几天中共有10余艘舰船被“神风”特攻机撞伤，还有几艘被撞沉，不过上陆与卸载行动都在继续进行。至1月17日，第6集团军的4个步兵师已将占领区域向纵深推进约50公里，突击上陆阶段遂告结束。
此后，第6集团军的第1军(第6、第43师)向仁牙因湾东北发动进攻，以牵制山下奉文的主力，而第14军(第37、第40师)则向马尼拉方向推进。1月29日，盟军又派约3万人的部队在苏比克湾登陆，两天后(31日)再派8000人在马尼拉湾南部的纳苏布格登陆。这两批登陆兵配合第14军从南北两面夹击马尼拉一带的日军。经过一个多月的艰苦战斗，终于2月25日攻占了马尼拉市。残存的日军退入山区继续抵抗，部分日军直到日本投降时才放下武器。