镰仓、南北朝时代争夺皇位和领地继承权的两个皇室系统之一。1259年(正元元年)后嵯峨上皇逼迫后深草天皇退位,扶立第五皇子龟山登基。皇室内开始出现两系争夺皇位的局面。龟山天皇之子后宇多天皇于1287年(弘安十年)退位后,住京都大觉寺,故龟山系称“大觉寺统”,与后深草系的“持明院统”对立。创立建武政权和南朝的后醍醐天皇,属于大觉寺统。1392年(明德三年)南北两朝议合时,议定皇位由两统迭立。但室町幕府中期以后,皇位基本上由北朝所属的持明院统继承。南朝遗臣继续拥立大觉寺统的皇族,后被室町幕府镇压。
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