汉殇帝刘隆于延平元年(106年)八月不幸夭折，时年两岁。汉殇帝死后，邓太后与大臣们商量，征得他们的同意后，连夜命人迎接清河王刘庆的儿子刘祜人宫。刘祜人宫后，先是被太后封为长安侯，然后准备即位;在宫殿辉煌的灯光下，13岁的刘祜茫然不知所措，只好听任大臣们的摆布。邓太后以刘祜“忠于国家，孝敬父母，仁慈厚道”，又是章帝的皇孙为由，宣布让他继承和帝的位置。宣诏完毕后，刘祜接过了朝臣捧上的象征皇帝权力的玉玺和绶带，登上了皇帝的宝座，即汉安帝。第二年，改年号为永初元年。汉安帝即位后，邓太后还像汉殇帝时那样，继续临朝执政。
邓太后亲理朝政近十六年，她不失为—个明智的女主。她对国家上下，宫员百姓实行了—系列的管理措施。她勤俭节约，裁减贡赋;以身作则，限制外戚;广纳贤士，任用贤良;开办学校，注重教育;对刘氏家族的江山稳固做出了积极的贡献。
邓太后临朝
邓太后对邓氏家族子弟的管理非常严格。邓太后初登后位时，按照惯例，和帝要封赏她的宗室子弟，但她担心自己的家族会重演历史上外戚集团那样的悲剧，惨遭不测，因此对皇帝的赏赐总是“谦让”。—直到和帝死时，邓氏家族的人受封的都很少。等到邓太后执政以后，她更加注意自己族人的言行。邓太后深知如果不对家族之人严加管束，邓氏家族最后就会身败名裂，因此她常常压抑族人的欲望，限制其势力，并时常告诫兄弟子侄们不要飞扬跋扈。邓太后临朝后，自然灾害不断，盗贼内起，四夷外侵。但她兢兢业业，勤政爱民，只要听说百姓受饥，她便彻夜不寐，亲自裁减宫中的用度，救济灾民。因此，她能够使民心稳定，天下也比较太平。
汉安帝继位之初，邓太后吸取前朝窦氏家族的失败教训，不偏重外戚，而是采取外戚与宦宫并用的策略，并且还授权河南尹，南阳太守等朝廷宫僚严格管束邓氏家族的亲戚宾客。同时，邓太后还表扬儒学，尊事奉公，把宫僚集团吸引到外戚势力中来。纵观东汉历史上几个得势的外戚集团，邓氏家族的表现应该是较好的—个。邓氏兄弟不受皇封皇赐，平时，他们也小心谨慎，奉公守法，勤于处事，这和邓太后对她家族的严格要求有很大的关系。
正所谓人无完人，邓太后在执政期间当然也有失误之处。她以女主的身份摄政，不能走出房闱之外，就不得不委用宦宫这种刑余之人，以国命寄之，宦宫因而日含天宪，权势进—步增长。—些朝臣如大长秋郑众、中常侍蔡伦、秉权干政司空周章等人多次直言劝谏，邓太后都没有充分地认识到这—点;除此之外，邓太后还过分看重手中掌握的权力，她对权力的看重以至于安帝长大成人后她仍不肯还政于刘家。那些劝她归政的人都遭到了严厉的惩罚。作为太后，她没有能培养安帝怎样做—个天子，安帝刘祜小时聪明懂礼，但长大后，安帝亲近宦宫，平平庸庸，令邓太后感到不满意。但她既不敢冒天下之大不韪提起废立之事，也没有对安帝加以正确的教导。在邓太后死后，安帝仅用五年的时间就尽失国政，这与邓太后不能说没有关系。
汉安帝朝邓太后虽然垄断了政权，但她还是比较清明忠顺的，对这时期社会的稳定做出了—定贡献，比起和帝时窦氏执政的骄奢淫逸，这可以说是大汉王朝之大幸。