最早向日本传播天主教的是1549年(天文十八年)抵日的圣·方济格。后用葡萄牙语，称Christāo(吉利支丹)。其所传系罗马天主教旧教。当时称天竺宗、南蛮宗、伴天连宗。短时期内获得九州、畿内等地领主及人民的皈依。丰臣秀吉担心天主教的流弊，遂下令驱逐在各地的传教士。德川家康时更严令禁止，将拒不改宗的天主教大名高山右近等人驱逐到吕宋。此后多次发生迫害天主教徒和教徒殉教事件。幕府采取改宗、踏绘、起请文等一系列制度，使天主教濒于灭绝。但部分教徒以隐蔽的方式，继续秘密保持信仰。“开国”后，新教各派的传教士抵日传教。1873年明治政府解除《禁教令》，旧、新教都开始了新的发展时期。现今日本天主教会组织很多，其中最大的组织是日本天主教团。