16—18世纪波兰和立陶宛犹太人自我管理高度发达的形式。16世纪初期，波兰全体犹太人的官方代表是国王任命的拉比，犹太居民受他管辖。后来，波兰犹太人力图使拉比和社区首领不由国王任命，而由社区自己选举。1551年，波兰犹太人获得按照自己的意愿选举拉比的权利。国王发布文告，赋予当选的拉比以侦查、审讯和判决他辖下的犹太人的全权，他可以根据摩西律法和犹太习俗对犹太人施以处罚，甚至革出教门。自此以后，在历史文献中再也没有出现国王任命拉比和犹太社区首领的记载。
各个犹太社区的代表经常集中到最主要的市场上，讨论有关社区生活的基本问题。有关宗教人士也聚集在那里讨论宗教立法问题。这些会晤的结果产生了一种最高法庭。于是逐渐形成了犹太社区领导人到集市上召开会议的传统，以讨论捍卫波兰全体犹太人的权益的措施。
16世纪早期，立陶宛产生了由9位地方社区首领、3位拉比组成的委员会。他们中应该有3位社区首领和1位拉比参加波兰犹太首领在市场上的会晤。这为以后建立波兰和立陶宛全体犹太人的中央自治机构打下了基础。中央自治机构包括委员会，其中四分之三是各社区首领，四分之一是社区拉比；全体犹太人的互助银行；在市场会议上开庭的最高法庭。
波兰—立陶宛国犹太自治系统的基础组织是社区，社区有自己的领导和自己的社会机构、宗教机构。在大部分社区中除了正式机构外，还有各种志愿协会，例如，犹太手工业者行会、帮助病人协会、诵经会等。
波兰犹太社区按省组成，省又分若干区。参加区组织的地方社区在行政上对该区主要社区有某种依附。例如，卢茨克社区代表全体的地方社区，克拉科夫社区代表整个小波兰的地方社区。各区社区的代表们定期聚会。每个省按照所确定的数目推选社区首领和拉比参加波兰犹太自治最高机构的会议——四省会议。有时候，立陶宛委员会的代表们也参加四省会议召集的会议。四省会议在卢布林和雅罗斯拉夫举行大集时召开。与会拉比组成一种最高审判团。在单独的社区中无法解决的一切问题，都提交四省会议讨论。四省会议通过协调全国犹太人生活方式的决议，对波兰—立陶宛犹太人个人生活和社会生活中产生的现实问题作出决定。例如，会议对犹太租赁者施加压力，以期在被租赁的领地中的农奴于星期六(安息日)免除劳役。四省会议在国王登基、议会选举，以及发生其他重大变故时捍卫犹太人的权利。
尽管经历了1648—1649年的剧烈动荡，波兰和立陶宛犹太社区仍然是17世纪下半叶全世界最大的犹太中心，而它们的自治机构在境外享有广泛的影响。